Nabór wniosków na małe projekty odbywa się w sposób ciągły. Terminy w procedurze wnioskowania podawane przez sekretariat FMP wynikają z terminów posiedzeń Komitetu Sterującego FMP.

Wnioskodawcy FMP mają możliwość korzystania z konsultacji i doradztwa, dotyczących idei projektu, zawartości merytorycznej wniosku projektowego oraz kwalifikowalności wydatków przed oficjalnym złożeniem wniosku w sekretariacie FMP. Konsultacje prowadzone są bezpośrednio, telefonicznie oraz za pośrednictwem poczty elektronicznej.

W praktyce oznacza to, iż wnioskodawca rejestruje indywidualne konto na stronie internetowej www.neisse-nisa-nysa.org, wypełnia formularz projektowy w języku polskim, następnie po kliknięciu przycisku "sprawdź" uzyskuje możliwość przesłania wniosku do sekretariatu FMP. W tym momencie traci dostęp do wniosku. Pracownicy sekretariatu FMP rozpoczynają konsultację, a swoje uwagi, zalecenia i sugestie do treści merytorycznej wniosku oraz do planu kosztów przekazują w formie pisemnej za pośrednictwem poczty elektronicznej, po czym udostępniają wniosek wnioskodawcy. Wnioskodawca odpowiednio uzupełnia, koryguje swój wniosek i ponownie przesyła go w systemie do sekretariatu FMP.

Czynności te mogą być powtarzane wielokrotnie, w zależności od potrzeb wnioskodawcy oraz jakości wyjściowej wniosku projektowego. Jeżeli nie ma dalszych uwag do wniosku w wersji polskiej, wnioskodawca uzupełnia treść w języku niemieckim. Po sprawdzeniu kompletnego wniosku, pracownicy sekretariatu FMP informują (e-mail) wnioskodawcę o zakończeniu fazy konsultacji i podają termin, w którym należy przedłożyć wniosek w sekretariacie FMP w wersji drukowanej wraz z załącznikami.

Terminy wyznaczane wnioskodawcy przez pracowników FMP w fazie konsultacji mają na celu utrzymanie odpowiedniego tempa pracy nad wnioskiem projektowym zapewniającego zakończenie fazy konsultacji w terminie, umożliwiającym skierowanie go każdorazowo na najbliższe posiedzenie KS FMP.

Małe projekty, w momencie ich złożenia do sekretariatu FMP, co do zasady powinny być gotowe do realizacji, a więc powinny posiadać niezbędną dokumentację, wymagane pozwolenia, zdolność kadrową i instytucjonalną.

Szczegółowa procedura dotycząca składania wniosku projektowego oraz wymaganych załączników przedstawione jest w Przewodniku FMP